Cirkev bratská je nielen organizmus ale aj organizácia, ktorá pozostáva zo
zborov a staníc.
Geograficky je členená na západoslovenský a východoslovenský seniorát. Vedením seniorátu je poverený senior, t.j. kazateľ zvolený do tejto funkcie spravidla na 2 roky. Najvyšším orgánom je celocirkevná konferencia kazateľov a zástupcov zborov, ktorá sa schádza 1x za rok.
Administratívne a operatívne riadenie celej cirkvi zabezpečuje
Rada Cirkvi bratskej.
Tá zriaďuje pre jednotlivé úseky svojej činnosti pracovné skupiny
(odbory) a účelové zariadenia
v súlade s obecne záväznými právnymi predpismi.